Op het onttrekken van grondwater wordt door de provincie een heffing geheven. Dit is een wettelijke bevoegdheid. De wet en de daarop gebaseerde Algemene Maatregel van Bestuur geven nauwkeurig aan waar de provincie de opbrengst van de heffing aan mag besteden. Het betreft met name het monitoren van de kwaliteit en kwantiteit van het Friese grondwater en het faciliteren van onderzoek naar de schadelijke gevolgen van grondwateronttrekking.

De provinciale waterverordening bepaalt de omvang van de heffing. Deze heffing bedraagt sinds 1 januari 2017 1,32 eurocent per m³ gewonnen grondwater voor heffingsplichtige ‘onttrekkers’. De gerealiseerde baten uit de grondwaterbelasting zijn voor 2021 € 793.288,-.